Sveta Stolica obznanila je 5. srpnja 1997. godine, tocno u podne, odluke Svetog Oca Ivana Pavla II. o ustanovljenju novih biskupija sa sjediùtima u Poûegi i Varaûdinu. Podijelivùi teritorij Zagrebacke nadbiskupije, Sveti Otac utemeljio je tako novu Varaûdinsku biskupiju na sjeverozapadu Hrvatske te je za njezinog prvog biskupa imenovao mons. Marka Culeja, dotadaùnjeg pomocnog zagrebackog biskupa. Priopcenje Apostolske nuncijature u Republici Hrvatskoj, u kojoj su bile navedene te odluke, objavio je Tiskovni ured Hrvatske biskupske konferencije.

Svecanost ustolicenja prvog varaûdinskog biskupa mons. Marka Culeja odrûana je 28. rujna 1997. godine u crkvi Uznesenja Blaûene Djevice Marije na nebo u Varaûdinu, koja je osnutkom biskupije postala katedralom. Naime, apostolskim pismom "Clarorum sanctorum", kojim je ustanovljena Varaûdinska biskupija, odredena je i katedrala: "Hram nove biskupije u gradu Varaûdinu, kapitularnu crkvu posvecenu Blaûenoj Djevici Mariji, podiûemo na stupanj katedralne crkve sa svim pravima i povlasticama koje se s tim u skladu podjeljuju". Ta je crkva nedvojbeno najljepùa sakralna barokna gradevina u Varaûdinu.

Varaûdinska biskupija zauzima prostor od 3.100 cetvornih kilometara na sjeverozapadu Hrvatske. Prije podjele Zagrebacke nadbiskupije, ta je nadbiskupija sa 22.795 cetvornih kilometara bila po velicini peta biskupija u svijetu. Poûeùka biskupija teritorijalno je dvostruko veca od Varaûdinske, no ima gotovo upola manje stanovnika. Na podrucju Varaûdinske biskupije u tri ûupanije - Medimurskoj, Varaûdinskoj i dijelom u Koprivnicko-kriûevackoj, ûivi oko 400.000 stanovnika, najvecim dijelom rimokatolicke vjeroispovijesti. U podrucje Varaûdinske biskupije pripadaju i neke ûupe iz Bjelovarsko-bilogorske, Krapinsko-zagorske i Viroviticko-podravske ûupanije.

Prirodnu granicu izmedu sadaùnje Zagrebacke nadbiskupije i Varaûdinske biskupije cine gora Ivancica, te podrucja Kalnika i Bilogore do izvora rijeke Ilove. Sjevernu granicu Varaûdinske biskupije predstavljaju rijeke Mura i Drava, odnosno drûavna granica Republike Hrvatske s Madarskom i Slovenijom.

Po teritorijalno-pastoralnom ustrojstvu Varaûdinska biskupija sastoji se od 11 dekanata i 104 ûupe. U trenutku osnivanja biskupija je imala 96 ûupa i 9 dekanata. Zbog pastoralnih potreba osnovani su Ludbreùki i Cakovecki dekanat te je ustrojeno nekoliko novih ûupa.

Od 104 ûupe na podrucju biskupije njih 7 vode redovnici, a ostale dijecezanski (biskupijski) svecenici. U biskupiji se nalazi i ùest redovnickih samostana te 15 vlastitih kuca casnih sestara (razlicitih druûbi), koji djeluju u 26 ûupa. Biskupija trenutacno ima oko 130 dijecezanskih svecenika, a na podrucju biskupije djeluje i 25 redovnickih svecenika, 3 brata redovnika i oko 130 redovnica.

Prvi varaûdinski biskup mons. Marko Culej roden je 19. sijecnja 1938. godine u Malom Repnu (ûupa Belec) od oca Petra Culeja i majke Josipe, rodene Buckal. Osnovnu ùkolu zavrùio je u Belcu, a srednju u Interdijecezanskoj srednjoj ùkoli za spremanje svecenika u Zagrebu. Studij filozofije i teologije zavrùio je na Katolickom bogoslovnom fakultetu u Zagrebu. Za svecenika Zagrebacke nadbiskupije zareden je 24. travnja 1964. godine. Od 1964. do 1965. g. pastoralno je djelovao kao kapelan u Samoboru, a zatim u Desinicu. Od 1965. do 1981. bio je ûupnik u Desinicu, a od 1981. do 1992. godine obavljao je sluûbu vicerektora na Bogoslovnom sjemeniùtu u Zagrebu.

Za pomocnog zagrebackog biskupa imenovan je 7. sijecnja 1992. godine, a za biskupa je zareden 22. veljace iste godine. Prigodnom svecanoùcu i misnim slavljem 22. veljace 2002. godine mons. Marko Culej obiljeûio je 10. obljetnicu svog biskupskog posvecenja. Koncelebriranu svetu misu predvodio je u varaûdinskoj katedrali kardinal Franjo Kuharic, kojem je to bio posljednji dolazak u Varaûdinsku biskupiju prije smrti 11. oûujka 2002. godine.

Prvim varaûdinskim biskupom mons. Marko Culej imenovan je 5. srpnja 1997. godine, kada je obznanjena i odluka Svetog Oca o podjeli Zagrebacke nadbiskupije, a ustolicen je 28. rujna iste godine.

Pri Hrvatskoj biskupskoj konferenciji mons. Marko Culej obnaùa razlicite sluûbe, ranije kao pomocni zagrebacki biskup, te danas kao varaûdinski biskup. Aktualni je predsjednik Odbora HBK za pastoral osoba liùenih slobode. Ujedno je predsjednik Hrvatskog ogranka Svjetske konferencije religija za mir

Osnutkom biskupije otvorila su se mnoga polja rada na pastoralnom, karitativnom, liturgijskom, katehetskom podrucju ...

Uz pastoralni rad mnoge su aktivnosti usmjerene na zaûivljavanje novoutemeljenih ûupa u kojima je potrebno osigurati sakralne i pastoralne prostore. U nekoliko ûupa biskupije u izgradnji su ûupne crkve (©enkovec, Trnovec, Koprivnica, Varaûdin - ûupa sv. Fabijana i Sebastijana ...) te pastoralni centri sa stambenim prostorom za ûupnika.

Takoder je izgraden novi Svecenicki dom za umirovljene svecenike, nedaleko od srediùta Varaûdina i katedrale. U Ivancu djeluje Caritasov dom za starije i nemocne osobe, a u Cakovcu Centar za djecu s posebnim potrebama. Biskupijski Caritas pokrenuo je zaûivljavanje ûupnih Caritasa. Od ùezdesetak registriranih ûupnih Caritasa, aktivnije djeluje njih oko 40, dok biskupijski Caritas povremenim seminarima i predavanjima potice aktivnost i u ostalim ûupama.

Biskupija jednom mjesecno prireduje susrete svih svecenika koji djeluju na podrucju Varaûdinske biskupije. Ti susreti imaju za cilj permanentno obrazovanje svecenika i razmatranje aktualnih pastoralnih pitanja. Velika se pozornost posvecuje katehetskom radu putem Katehetskog ureda biskupije, a u njegovanju liturgijskog pjevanja prednjace dva katedralna zbora varaûdinske katedrale "Chorus liturgicus" i "Chorus angelicus" kojeg vode dr. Stanko Ilcic i mo. Andelko Igrec, katedralni orguljaù. U svakoj ûupi takoder djeluju ûupni i crkveni zborovi. O unapredenju liturgijskog pjevanja skrbi biskupijski Ured za crkvenu glazbu.

Osnivanjem biskupije zaûivjele su i udruge vjernika laika: utemeljena je Kolpinùka udruga (vodi je prof. Zvonimir Cavlek), zatim Podruûnica Hrvatskoga katolickog lijecnickog druùtva za Varaûdinsku biskupiju (predsjednik je dr. Zdravko Prepolec), Ogranak Hrvatskog katolickog druùtva prosvjetnih djelatnika za Varaûdinsku biskupiju (predsjednik je prof. Darko Rogulja)... Sve te udruge imaju susrete jednom mjesecno i druge brojne aktivnosti.

Biskupski ordinarijat, s glavnim uredima biskupije, smjeùten je neposredno uz katedralu kojom je povezan nekadaùnjom Lauretanskom kapelom. Nalazi se na adresi Pavlinska 4, a danaùnju zgradu izgradili su isusovci 1651. godine kao jednokatnu uglovnicu vezanu uz isusovacku crkvu Uznesenja Marijina. Zgradu su podigli na istome mjestu na kojem je 1636. g. podignuta drvena isusovacka gimnazija, koja je izgorjela u poûaru. I nova zidana zgrada sluûila je nadalje kao isusovacka gimnazija. Isusovci su inace u Varaûdin doùli 1628. godine, a crkvu Uznesenja Marijina, danaùnju katedralu, gradili su od 1642. do 1646. godine. Zgrada bivùe isusovacke gimnazije, danaùnji Ordinarijat, dogradena je pocetkom 19. stoljeca, a sredinom 1997. godine preuredena je za potrebe Varaûdinske biskupije.

Biskupskom ordinarijatu, odnosno u zgradi na lokaciji Pavlinska 4, nalaze se sluûbene prostorije varaûdinskog biskupa i njegovih najbliûih suradnika. Generalnim vikarom imenovan je mons. Ivan Godina, koji je ujedno i predsjednik Caritasa Varaûdinske biskupije. Kancelar biskupije i tajnik je mons. Antun Percic. Ekonom biskupije je vlc. Josip Groùic. Ravnatelj je Svecenickog doma vlc. Mirko Horvatic, koji je ujedno i ravnatelj Ustanove za uzdrûavanje klera i drugih crkvenih sluûbenika.

Na toj adresi nalaze se i Arhiv te Maticni ured, koje vodi vlc. mr. Damir Bobovec, kao i Ured za crkvenu glazbu, kojeg vodi mr. Andelko Igrec.

Dio ureda Biskupskog ordinarijata od pocetka 2004. godine smjeùten je i u novom Pastoralnom centru na lokaciji Zagrebacka ul. 3. Na toj adresi smjeùten je ured Biskupijskog Caritasa, kojeg vodi dipl. teolog Ante ©ola, zatim Katehetski ured i Ured za pastoral mladih koje vodi vlc. mr. Damjan Koren, Ured za obitelj kojeg vodi vlc. mr. Josip Koprek, Bracno i obiteljsko savjetovaliùte, koje vodi laik Branko Pagadur, Misijski ured i Ured za pastoral duhovnih zvanja koje vodi vlc. Antun ©tefan, te povjerenstvo za katolicke laicke udruge, koje vodi vlc. Koprek.

U Pavlinskoj ulici 50-tak metara od katedrale nalazi se Biskupska rezidencija koja je smjeùtena u velikoj jednokatnoj palaci izgradenoj potkraj 19. stoljeca u tzv. gradanskom stilu. Zgrada je za potrebe stanovanja varaûdinskog biskupa i njegovih suradnika preuredena sredinom 1997. godine.